Güdümlü Proje Desteği, Ajansın proje teklif çağrısı yapmaksızın, proje hazırlık sürecini doğrudan yürüttüğü bir mali destek yöntemidir. Güdümlü Proje Desteği’nde diğer mali destek yöntemlerinden farklı olarak projeler ajansın öncülüğünde başlatılmakta ve yine ajansın öncülüğünde geliştirilmektedir. Ajans, toplam proje maliyetinin en fazla %75’i oranında mali destek sağlayabilir.
Konusu ve koşulları ajans öncülüğünde ve yönlendirmesinde belirlenen özel nitelikli model projeler olan güdümlü projeler ile bölge plan ve stratejilerine uygun sektörel ihtisaslaşmalar özendirilmektedir. Proje fikrini oluşturma aşamasından itibaren genel çerçevesi Ajans tarafından ortaya konulmuş bu projeleri uygulayacak muhtemel aktörler de Ajans tarafından bir araya getirilmektedir.